一、什么是多肽测序？为何如此关键？

多肽是由2~50个氨基酸残基组成的短链蛋白片段，既可能是蛋白质降解产物，也可能是功能性信号分子、生物活性药物，甚至是疫苗抗原表位或TCR肽段。

多肽测序的主要目的包括：

• 抗体CDR区的氨基酸顺序确认
• 内源性活性肽（如激素、细胞因子）的鉴定
• 生物制剂降解产物的结构确认
• 多肽药物的质量控制与杂质检测
• 表位筛选与T细胞识别位点研究

由于多肽结构短小，传统蛋白质测序流程在此面前显得捉襟见肘，催生了针对多肽特性的专用测序方案。

二、多肽测序的主流技术路线

当前多肽测序技术主要可分为两大类：基于质谱的序列分析（MS/MS）和化学降解法（如Edman）。

1、LC-MS/MS串联质谱测序

（1）主要流程包括：

• 样本纯化 → 去除高背景盐离子及杂质
• 离子化（ESI或MALDI）→ 将肽段转为带电粒子
• 一级质谱筛选母离子 → 精准挑选目标肽段
• 二级质谱碎裂（CID/HCD/ETD） → 获取碎片图谱
• 序列分析：通过数据库搜索或de novo算法重构序列

（2）适用优势：

• 快速、高通量、分辨率高
• 可结合修饰识别和定量分析

2、Edman降解法

Edman降解是最经典的化学测序方法，通过循环性剥离N端氨基酸残基并逐一鉴定，获取序列。

（1）适用优势：

• 精确度高，适用于纯多肽样品
• 对短肽段（<30 aa）解析能力较强

（2）限制：

• 不适用于N端封闭或修饰肽
• 通量低，难以自动化

随着质谱灵敏度与生信算法的进步，现代多肽测序更偏向质谱+AI辅助序列重构的方向发展。

三、多肽测序中的关键挑战

尽管技术手段日益成熟，但在实际应用中，多肽测序仍面临多个技术瓶颈：

1、修饰种类复杂，影响碎裂模式

天然或合成多肽中常见多种翻译后修饰（PTMs），如磷酸化、羟脯氨酸、N端乙酰化等，这些修饰可能影响质谱碎裂效率，干扰序列推断。

2、同分异构肽难以区分

多肽中存在大量同分异构体（如Leu/Ile，Gln/Lys）无法通过质谱直接区分，需要额外的化学验证或AI辅助建模。

3、信号弱、背景高

多肽相较于完整蛋白更易丢失信号，尤其在复杂背景样本中（如血浆、细胞裂解液），测序难度大幅上升。

4、N端修饰与封闭问题

某些生物样本中的多肽具有阻断性修饰，导致N端Edman降解失效，也会影响数据库匹配算法的有效性。

四、技术突破与前沿发展

为应对上述挑战，科研界与产业界已在多个维度取得重要进展：

1、高分辨率质谱系统的应用

如Orbitrap Eclipse、timsTOF Pro 2 等高端平台可提供更高质量的MS/MS谱图，提升异构体区分能力与低丰度信号检测率。

2、多酶酶切与分段合成策略

通过使用多种特异性酶（如Trypsin + Glu-C + Chymotrypsin）对肽段进行补充切割，扩大测序窗口，提升序列覆盖率。

3、AI赋能的de novo序列重建算法

深度学习模型（如DeepNovo、PointNovo、pNovo+）能够根据碎片模式重建氨基酸顺序，尤其适用于数据库外序列或高度修饰肽段。

4、联合结构建模与修饰预测

结合AlphaFold结构预测与修饰位点数据库（如Unimod、dbPTM）辅助识别关键功能肽段并进行结构确认，提升生物学解释力。

五、百泰派克生物科技的多肽测序解决方案

在实际科研和项目开发中，多肽测序不仅要求技术精度，更需要从样本制备到数据解读的整体方案设计。百泰派克生物科技构建了一套针对不同应用场景的多肽测序服务平台，具备以下核心优势：

1、高灵敏度平台：搭载Orbitrap Eclipse、timsTOF等高分辨率质谱系统

2、多重酶切策略：根据肽段特性定制酶解方案，最大化覆盖率

3、AI辅助分析引擎：结合数据库比对与de novo预测，准确识别未知肽段

4、修饰位点识别能力强：支持磷酸化、乙酰化、糖基化等常见PTM识别

5、可视化报告交付：提供序列图谱、修饰注释、结构预测等直观结果

随着质谱仪器的性能升级和AI算法的不断成熟，多肽测序正在从“序列获取”向“功能解读”跃迁。未来的多肽测序不仅要“测得准”，更要“懂得多”——包括功能区域、修饰模式、结构信息和生物活性。而生物信息学平台与实验平台的深度融合，也将进一步推动多肽测序在药物发现、免疫疗法、分子机制研究中的价值释放。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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